W 1291 r. trzy tzw. leśne kantony (Uri, Schwyz i Unterwalden), położone wokół Vierwaldstaettersee, utworzyły związek wzajemnej obrony. W XIV w. dołączyły do nich Zurych, Glarus, Berno, Lucerna i Zug a w XV w. Fryburg i Solura. Habsburgowie niezdolni do pokonania walecznych szwajcarskich górali porzucili próby przejęcia rejonu jako lenno rodzinne a konfederacja szwajcarska stała się zależna bezpośrednio od cesarza.
Rok 1499 przyniósł kolejną próbę Cesarza Rzymskiego Maksymiliana I ograniczenia różnych praw samorządowych. W wyniku wojny został pobity, a traktat z Bazylei podpisany 22 września 1499 uznawał niezależność Szwajcarii. Do konfederacji przystąpił Appenzell, Szafuza i Bazylea w roku 1513.
W wyniku ostatniej wygranej wojny z Maksymilianem szwajcarscy rycerze uzyskali wielką sławę jako najemnicy.
W trakcie wojen między Francją i Włochami, szwajcarscy najemnicy anektowali część północnych powiatów włoskich i miast, które później stanowiły podstawę utworzenia kantonu Ticino.
Szwajcarscy żołnierze wystąpili przeciwko Francuzom i zostali pobici w 1515 r. Następstwem tej porażki było ustanowienie neutralności Szwajcarii.
W roku 1536 Szwajcarzy berneńscy zajęli Lozannę i różne inne terytoria księstwa Sabaudii.
Reformacja rozpoczęła się w Szwajcarii w 1518, gdy wiejski pastor Huldreich Zwingli zakwestionował sprzedawanie odpustów przez kościół rzymsko-katolicki.
Pod przewodnictwem Zwingli miasto Zurych powstało przeciw dogmatom kościelnym paląc relikwie, zabraniając adoracji świętych i uwalniając kleryków z okowów celibatu. Te innowacje były wspierane przez klasę średnią, głównie kupców, powodując dalsze uniezależnienie się miasta od kościoła rzymsko-katolickiego i Rzymskiego Cesarza Niemiec. Reformy te zostały w krótkim czasie przyjęte również przez inne miasta: Bazyleę i Berno.
Genewa w roku 1536 zbuntowała się przeciw księstwu Sabaudii i odmówiła uznania zwierzchnictwa biskupa katolickiego.
Tu osiedlił się francuski teolog Jan Kalwin, który zorganizował swój kościół demokratycznie, wykorzystując ideę przedstawicielstwa.
W latach 1541 - 1564 Genewa była twierdzą kalwinistycznego odłamu protestantyzmu.
W wojnie trzydziestoletniej (1618 - 1648) Szwajcaria zachowała swą neutralność. Mimo to dyplomacji szwajcarskiej udało się wywalczyć uznanie Szwajcarii jako niepodległy kraj na mocy traktatu pokojowego z Westfalii z 1648 r.
Rewolucja francuska z 1790 r. dotarła także do Szwajcarii. Rewolucjoniści wspierani żywo przez Francuzów zachęcali do reform politycznych i ustanowienia silnego rządu narodowego. W roku 1798 obejmowali już teren całej Szwajcarii. Do tego czasu Szwajcaria miała raczej luźne sojusze obronne. Dopiero Napoleon Bonaparte zjednoczył kraj pod nazwą Republiki Helweckiej i wprowadził pisaną konstytucję, która mocno uraziła Szwajcarów, podobnie jak okupacja przez wojska francuskie.
Rok 1803 przyniósł zmiany. By zyskać przychylność Szwajcarów Napoleon wycofał swe wojska i Aktem Mediacji ustanowił nową konstytucję za zgodą Szwajcarów. Właśnie obchodziliśmy 200-lecie tego ważnego dla Szwajcarii wydarzenia.
Na Kongresie Wiedeńskim w 1815 r. uznano oficjalnie stałą neutralność Szwajcarii, a jej terytorium poszerzono, włączając 22 kantony. Od tamtej pory granice państwa pozostały nie zmienione.
Okres następujący po ostatecznej integracji Szwajcarii przyniósł nowe ważne elementy w formowaniu jedności państwa.
Wystąpiły konflikty pomiędzy kościołem katolickim i protestanckim oraz elementami autokratycznymi a demokratycznymi.
W roku 1847 kościół katolicki utworzył ligę nazwaną Sonderbund.
Demokratyczny rząd federalny ogłosił ją pogwałceniem konstytucji. Doszło do wojny domowej, gdy liga odmówiła rozwiązania się. Liga została pokonana przez rząd, który w 1848 r. przedstawił nową konstytucję znacznie wzmacniającą siłę konfederacji. Spotęgowała to konstytucja z 1874 r., która po kilku modyfikacjach nadal jest w mocy.
To ta konstytucja ostatecznie zjednoczyła wszystkie kantony w jedno silne państwo federacyjne, jednocześnie pozostawiając znaczne przywileje poszczególnym kantonom i gminom.